深圳政府公報形式正式全文辦法規定，歷史遺留違法建筑經處理、初始登記后，為非商品性質房地產，限定自用，不得抵押、轉讓，但有三類歷史遺留違法建筑在補繳地價的情況下可申請轉為商品性質。辦法提出對農村城市化歷史遺留違法建筑采取分類處理方式。深圳加固公司了解到對非原村民所建，以及以房地產開發為目的未經批準建設的住宅類違法建筑，不予處理確認,辦法將于4月1日起在試點區域內試行。
對原村民、農村集體經濟組織或者其繼受單位所建的住宅類歷史遺留違法建筑，根據不同情況，免繳地價或按現行公告基準低價的25％補繳地價，并且超面積部分每平方米罰款30至200元。對于原村民違反“一戶一棟”原則所建違法建筑的多棟部分，多棟的第三棟及以上棟數部分不予處理確認。
對生產經營性、商業、辦公類歷史遺留違法建筑，原農村集體經濟組織繼受單位按建筑面積每平方米罰款20元，位于非農建設用地紅線內的免繳地價，位于非農建設用地紅線外的按照現行公告基準地價的25％補繳地價；原村民、其他企業單位或者非原村民按建筑面積每平方米罰款120元，按照現行公告基準地價補繳地價。
住宅類歷史遺留違法建筑處理確認為限定自用的非商品性質房地產的，如需出租、進行經營性活動時，應當按照有關規定辦理手續，交納土地使用稅等有關稅費。僅三類歷史遺留違法建筑經處理確認、依法辦理初始登記后，可以申請轉為商品性質：原村民符合“一戶一棟”原則的住宅類歷史遺留違法建筑在480平方米以內的部分，按照申請轉為商品性質時的公告基準地價的10％補繳地價；原農村集體經濟組織繼受單位所建商業、辦公、生產經營性歷史遺留違法建筑，按照申請轉為商品性質時的市政府有關非農建設用地和征地返還用地土地使用權交易的有關規定繳納地價；原村民、其他企業單位或者非原村民所建商業、辦公、生產經營性歷史遺留違法建筑，按照申請轉為商品性質時的市場評估價補足地價辦法還規定，歷史遺留違法建筑當事人或者管理人申報后不愿意辦理處理確認手續的，可以向區政府申請政府收購。政府收購后，可以根據房屋實際安全狀況作為臨時性保障性住房。
